Découpez l'aubergine en dés d'environ 2 cm et laissez-les dégorger en les saupoudrant de gros sel dans un saladier. Après 15 minutes, éliminez l'excès d'eau et de sel avec du papier absorbant.
Taillez les courgettes en rondelles, en veillant à ce qu'elles soient suffisamment épaisses pour ne pas se désintégrer lors de la cuisson. Coupez également le poivron en dés. Hachez l'oignon et l'ail finement.
Dans une casserole ou une poêle, chauffez un peu d'huile d'olive et faites revenir l'oignon et l'ail pendant deux minutes. Ajoutez les dés d'aubergine et faites-les revenir seuls durant cinq minutes.
Introduisez ensuite les courgettes et le poivron, et faites-les revenir pendant deux minutes supplémentaires. Ajoutez les tomates, puis incorporez le thym, le sel et le poivre. Mélangez bien le tout. Couvrez et laissez mijoter à feu doux pendant une heure.
Pour les dix dernières minutes de cuisson, retirez le couvercle. Ajustez l'assaisonnement de la ratatouille et terminez par un filet d'huile d'olive.